Na sequência da conquista de Lisboa aos mouros, por D. Afonso Henriques, no ano de 1147, os infiéis que defendiam a fortaleza de Sintra entregaram-se finalmente e de forma voluntária. O “Castelo dos Mouros”, como hoje é denominado, esteve durante alguns anos, ora sob o domínio muçulmano ora sob o domínio cristão. Não se sabe ao certo a altura da sua construção, contudo, os especialistas, aventam os séculos VIII ou IX como o período provável para a sua edificação.

Após tomar posse do castelo, D. Afonso Henriques, já coroado rei desde a batalha de Ourique, em 1139, concedeu privilégios e carta de foral a trinta povoadores, em 1154, que ali passaram a viver incrementando a vida no interior do castelo, e, simultaneamente mantendo uma força beligerante atenta e pronta para qualquer eventualidade.

Uma das primeiras medidas tomadas pelos monarcas após a conquista de território aos mouros infiéis era providenciar a construção de estruturas religiosas que permitissem servir as necessidades espirituais da comunidade. No caso do Castelo de Sintra, essa situação verificou-se logo no início da segunda metade do século XII. Uma pequena capela, de evidente estilo românico, construída entre as duas muralhas da fortaleza, e votiva a São Pedro, foi a sede da freguesia durante longos anos. Alguns autores defendem que pode tratar-se de uma das primeiras estruturas românicas construídas em Sintra, senão mesmo a primeira. Não colocamos de parte a possibilidade de este templo ter sido erguido em local onde anteriormente já havia algum vestígio muçulmano destinado ao culto.

De planta longitudinal, a capela, é composta pela justaposição de dois corpos retangulares: um correspondente à capela-mor e o outro ao corpo da igreja. A estrutura apresenta uma volumetria paralelepipédica, uma abóbada de berço e uma cobertura de duas águas. Atualmente apenas a capela-mor se encontra coberta, a nave encontra-se sem qualquer proteção. As paredes são de granito autóctone e aparelho rústico – típico da primitiva edificação românica. A orientação do templo segue a tradição cristã, orientando a cabeceira a Oriente. A entrada principal, que se faria a Oeste, já não tem qualquer vestígio do seu portal original. O portal meridional apresenta-se ladeado de duas colunas de fuste liso, coroadas com capitéis decorados com motivos vegetalistas e zoomórficos, apresentando cada um deles duas aves defronte uma para a outra. De salientar que no Museu Arqueológico do Carmo, em Lisboa, se conservam dois capitéis com elementos vegetalistas que podem ter pertencido ao portal axial. Na parte superior encontramos duas arquivoltas que deveriam enquadrar o programa do vão da porta, de que hoje não existe qualquer vestígio. Ambas as entradas se encontram ligeiramente elevadas devido ao declive do terreno em que a construção se encontra. Por esta razão o acesso ao interior é feito por alguns degraus, tanto no portal Sul como no Oeste. A passagem da nave para o altar-mor é feita por um arco triunfal, que adota características idênticas aos do portal sul, uma vez que ostenta um par de colunas lisas assentes sobre plintos igualmente lisos. Os capitéis, que sustentam o arco de volta perfeita, apresentam-se decorados com elementos vegetalistas. A capela-mor preserva ainda pequenos fragmentos de policromia, que se assemelham àqueles que enquadramos na decoração do gótico pleno. Tratam-se de elementos fitomórficos articulados com componentes de decoração geométrica. A iluminação da abside é conseguida através de uma fresta existente no extremo oriente da cabeceira. Ainda no interior da abside, nas paredes, tanto do lado da Epístola como do lado do Evangelho, encontram-se dois exíguos nichos, retangulares, que certamente serviram para acolher objetos destinados ao culto litúrgico.

O pequeno templo esteve durante séculos ao serviço de grande parte da população que habitava as áreas de Sintra e Cascais. Acreditamos, segundo a documentação de que dispomos, que a pequena capela tenha funcionado até meados do século XV. A partir desse momento vários fatores terão contribuído para o abandono progressivo da estrutura. Em 1493, temos notícia do arrombamento das portas e da frequente profanação do templo por parte de judeus. Uma das razões que terá levado ao seu abandono definitivo poderá estar relacionado com a fundação, no século XIV, de uma nova igreja matriz, na freguesia de São Pedro, situada no sopé da serra e desta forma muito mais perto do centro da vida social, que se situava agora, na vila de Sintra, mais concretamente, em redor do Paço Real. Haveria certamente a necessidade de ter mais perto uma estrutura religiosa que permitisse o culto espiritual da população, que se encontrava em pleno crescimento no século XVI.

Os séculos passaram e não temos notícia de qualquer intervenção ou tentativa de evitar a degradação do monumento. No século XVIII, o Marquês de Pombal efetuou um questionário para averiguar, ao pormenor, a gravidade do terramoto do dia 1 de Novembro de 1755. Segundo os Priores António de Sousa Seixas e Francisco Antunes Monteiro, nas respetivas Memórias Paroquiais de 6 e de 18 de Abril de 1758, das Paróquias de São Pedro de Penaferrim e de Santa Maria do Arrabalde, a Igreja teria sido um antigo templo paroquial, apresentando a ousia abobadada um vestígio mural pintado de São Pedro, além de uma inscrição “gótica” em volta e parcialmente extinta, discriminando-se as dimensões do templo (capela-mor: 32 palmos de largura, 20 palmos de comprimento), encontrando-se ainda a nave descoberta e arruinada, com uma porta principal a Oeste e outra pequena a Sul, bem como uma janela fronteira a Norte com 10 palmos de altura.

Mais tarde, no século XIX, mais uma vez, o Rei Artista, D. Fernando II, ordenou o restauro e consolidação do monumento. Para orientar os trabalhos chamou o Barão von Eschewege, que já tinha trabalhado consigo no Palácio da Pena e no restauro e consolidação dos panos de muralha do “Castelo dos Mouros”. Esta intervenção foi fundamental, uma vez que assim se evitou o colapso total do monumento.